Yayasan Mutiara Quran Indonesia Peduli, memiliki dua program utama yang sudah berjalan, yaitu program pendidikan dan sosial.
Program takhashshush yaitu bernaung di bawah Rumah Tahfizh Mutiara Quran, yang terdiri dari Tahfizh Alquran 30 Juz (terdiri dari tahsih Alquran, tahfizh Alquran, Dirasah Islamiyah, Bahasa Arab, dan lain sebagainya), dan program Pengajian antara Maghrib dan Isya yang disingkat dengan PAMI (program ini khusus untuk anak-anak yang bertempat tinggal di sekitar Rumah Tahfizh).
Kemudian, program sosial yaitu program pengnggalangan dan penyaluran donasi untuk saudara-saudara kita yang membutuhkan, seperti di Palestina dan lain sebagainya.